Le virus Shamonda, connu pour circuler chez des animaux d'élevage, a été détecté pour la première fois chez un être humain, un patient sévèrement immunodéprimé, décédé en France début octobre. A ce stade, «aucun risque sanitaire» n'est identifié pour l'ensemble de la population, précisent les autorités françaises. Ce virus de la famille des Orthobunyavirus, qui circulait depuis des décennies en Afrique et en Asie, était jusqu'ici considéré comme non transmissible à l'être humain.
Cette première détection chez un humain, en France, est «un cas exceptionnel survenu chez un patient fortement immunodéprimé», pris en charge aux Hospices civils à Lyon pour une pathologie grave et «décédé début octobre», selon un communiqué des ministères de la Santé et de l'Agriculture. Selon les informations du journal Le Progrès, non confirmées par les autorités, il s'agissait d'un «homme âgé d'une soixantaine d'années» qui «habitait dans l'Ain».
Pour la contamination, l'hypothèse avancée à ce stade est celle d'une piqûre d'un moucheron de type culicoïdes dans l'est de la France, territoire qui rapportait une circulation du virus chez l'animal au printemps/été 2026. On ignore encore dans quelles circonstances exactes aurait eu lieu cette contamination, par exemple si elle se serait produite dans une exploitation agricole, mais aussi si d'éventuels cas contacts du patient ont été identifiés.
Investigations «encore en cours»
Selon les investigations déjà menées, «les complications cérébrales observées chez le patient immunodéprimé avant son décès seraient très probablement liées à l'infection par le virus Shamonda», précisent les autorités.
Ce cas «présente des points communs avec d'autres cas d'infections à Orthobunyavirus, comme le virus Oropouche, chez l'humain, pour lesquels des atteintes neurologiques ont été décrites, en particulier chez des patients présentant une immunodépression, mais il s'agit de la première détection documentée de virus Shamonda chez l'être humain», selon le site du ministère de l'Agriculture.
Et «aucune donnée scientifique disponible à ce jour ne documente une transmission du virus Shamonda par la consommation de viande, de lait ou de produits dérivés», selon la même source, qui ajoute que «les produits issus des animaux malades sont toujours exclus de la consommation». Au-delà de ce cas particulier, «au regard des connaissances disponibles sur ce virus», aucun risque sanitaire n'est identifié «à ce jour» pour l'ensemble de la population, selon les autorités.
Des investigations cliniques, biologiques et épidémiologiques sont «encore en cours» dans une approche +Une seule santé+, associant les expertises en santé humaine, animale et environnementale, et l'Organisation mondiale de la santé (OMS) ainsi que le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) ont été prévenus, indique le gouvernement.
En Europe depuis l'été
Transmis aux animaux par des moucherons piqueurs du genre culicoïdes, détecté pour la première fois au Nigeria au milieu des années 1960 et signalé de manière sporadique chez les bovins en Afrique de l'Ouest, de l'Est et australe, ainsi qu'au Japon, le virus Shamonda a été identifié pour la première fois cet été en Europe, dont en France, dans des exploitations bovines.
Il s'est depuis rapidement répandu en Europe. Selon le dernier bulletin hebdomadaire de la plateforme de surveillance de l'ESA (épidémiosurveillance en santé animale), qui rassemble les données françaises et européennes, 14 pays d'Europe de l'Ouest sont touchés. En France, le virus circule dans 52 départements chez les bovins et, dans une moindre mesure, chez les ovins dans deux départements, ainsi que les équins dans un département, selon la même source. Pour le virus Shamonda, les bovins sont considérés comme les hôtes principaux parmi les espèces animales pouvant être infectées. Des cas sporadiques d'infection de petits ruminants et d'équidés ont été également identifiés cet été en France.
Si elles ont émergé sur la Terre il y a des milliers d'années, les zoonoses, ces maladies infectieuses transmises des animaux aux humains, se sont multipliées ces dernières décennies. Depuis les années 1940, environ 75% des maladies infectieuses émergentes touchant les humains proviennent ainsi d'animaux. La hausse de la population et la mondialisation facilitent la circulation des agents pathogènes, la déforestation et l'urbanisation favorisent le contact entre animaux et humains, ce qui contribue au passage de maladies.
