La surpopulation carcérale cause de nombreux défis aux établissements de détention. En plus d'une charge accrue pour le personnel et les infrastructures, les cantons doivent aussi gérer un risque sanitaire plus élevé.
La grande promiscuité et la perte d'intimité liées à la surpopulation carcérale accroissent les tensions, nécessitant «une vigilance constante» pour préserver un climat stable et sécurisé, souligne le canton de Genève. Elle complique la gestion des différentes affectations et demande une réévaluation constante de l'accès aux soins, sur fond d'un «fort risque sanitaire» lié au risque accru de propagation de maladies infectieuses.
Les grands défis sont liés aux «nouveaux profils de délinquants très dangereux et violents», ainsi qu'à l’état de santé mentale et physique des personnes qui entrent en détention, selon le service pénitentiaire de Neuchâtel. En Valais, le canton a signalé que les détenus doivent désormais partager leurs cellules, impliquant «plus de bruit et de promiscuité».
Le département de la justice de Zurich relève aussi le fait qu'une grande partie des détenus présentent désormais des troubles psychiques. Souvent, les cellules doubles ne peuvent plus accueillir qu'une seule personne, ce qui réduit le nombre de places disponibles.
Face à la surpopulation, d'autres leviers que la construction de nouveaux bâtiments doivent ainsi être actionnés, selon le Conseil d'Etat vaudois. Notamment des alternatives à la détention comme le bracelet électronique ou le travail d'intérêt général.