Des archives fromagères valaisannes vieilles de 142 ans montrent que les méthodes de fabrication modernes ont réduit la diversité bactérienne dans les fromages, selon une nouvelle étude. De plus, l'utilisation d'antibiotiques a laissé des traces dans les meules.
Une équipe de recherche dirigée par Agroscope et l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ) a étudié huit meules d'un fromage à raclette valaisan datant des années 1875 à 2017, selon une étude publiée jeudi dans la revue spécialisée Current Biology. Ces meules provenaient toutes de la même fromagerie d'alpage et constituaient une série chronologique unique, car elles avaient été conservées selon une ancienne tradition liée aux enterrements.
Les analyses d'ADN ont montré que le fromage le plus ancien, datant de 1875, présentait notamment une composition nettement différente et plus diversifiée. Il contenait de nombreuses bactéries que l'on trouve généralement dans l'intestin ou sur les plantes. Les chercheurs attribuent ce phénomène aux méthodes de fabrication de l’époque.
La standardisation croissante, l’amélioration des conditions d’hygiène et l’utilisation de cultures starter commerciales ont entraîné une diminution de la diversité bactérienne dans les fromages plus récents, relève l'étude.
Reflet de l’utilisation des antibiotiques
Les échantillons de fromage reflètent également l'histoire de l'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire. Alors que le fromage de 1875 était exempt de gènes de résistance aux antibiotiques, ceux-ci sont apparus en grand nombre dans les échantillons datant de la seconde moitié du XXe siècle.
Ainsi, le fromage de 1975 présentait une forte concentration de gènes conférant une résistance aux tétracyclines. L’utilisation de ce principe actif s'est répandue en Suisse dès les années 1950. En revanche, dans le fromage le plus récent, datant de 2017, de tels gènes de résistance n'étaient plus détectables.
Les bactéries lactiques, essentielles à la fabrication du fromage, montraient déjà en 1875 des signes de domestication. Ce processus d’adaptation à l’environnement fromager s’est donc déroulé en grande partie avant la période étudiée.
Les bactériophages, ces virus qui infectent les cultures starter et constituent un risque pour les fromageries, étaient également déjà présents dans le fromage le plus ancien. Leurs communautés sont restées relativement stables au cours de ces 142 années. Selon les auteurs, l’étude démontre en outre que le fromage constitue une excellente archive pour la conservation à long terme de l’ADN microbien.
